FCM Targu Mures este echipa fanion a orasului, succesoarea lui CS Targu Mures, dizolvata in 1960 si ASA Targu Mures, dizolvata in 2007.
FCM Targu Mures e fondat in 2004, sub numele de Trans-sil Targu Mures, bifand 4 sezoane in liga a III-a.
In vara anului 2008 echipa isi schimba numele in FC Municipal Targu Mures si cumpara locul in liga a II-a de la nou-promovata Unirea Sânnicolau Mare
Sezonul 2008-2009:
In chiar primul sezon in liga a II-a, contrar asteptarilor, echipa reuseste performanta de a castiga 16 meciuri si de a termina 9 la egalitate, cu un golaveraj de 54 la 27, echipa avand printre cele mai bune linii de fundasi din liga a II-a. Echipa a fost la un pas de promovare, terminand campionatul pe locul 3, cu 57 de puncte, la doar 7 puncte de locul 2, International Curtea de Arges
Sezonul 2009-2010:
Echipa termina pe locul 1 din serie,promovand pentru prima data in scurta ei istorie, fiind prima echipa din oras care va juca pe prima scena fotbalistica a campionatului Romaniei, dupa 18 de ani(sezonul 91-92,ASA).
FCM Termina sezonul cu 69 de puncte, 20 de victorii si 9 meciuri terminate la egalitate, si doar 3 infrangeri. Echipa noastra inscrie 52 de goluri, primind doar 20, clasandu-se din nou printre echipele cu cea mai buna aparare din liga a II-a.
Sezonul 2010-2011
Cu un nou antrenor, in persoana lui Ioan Ovidiu Sabau, FCM Targu Mures se intrece pe sine si termina campionatul pe locul 9, fiind a 6-a echipa a returului de campionat. FCM termina campionatul pe un loc onorant pentru o nou-promovata, in fata fostei campioanei CFR si cu sperante mari pentru sezonul ce urmeaza
